到武昌兵变以后,在湘鄂籍军官,组织湖北自治军;湘省也组织援鄂军;于七月二十九日,攻入湖北。八月初,连占蒲圻、通山、通城一带地方。初九日,下令,免王占元。以萧耀南为湖北督军。吴佩孚为两湖巡阅使。孙传芳为长江上游总司令。吴佩孚以张福来率第三第二十四两师当前敌。自与海军第二舰队司令杜锡珪,乘军舰督战。二十八日,北军陷岳州。九月初一日,赵恒惕和吴佩孚在英国军舰上定约休战。岳州由北军驻扎,到湘省公布省宪之日撤退。——其后湘省于十一年一月一日,公布省宪。驻扎岳州的客军,于十一年六月二十二日,奉令撤退。前敌总指挥张福来,于七月二十至二十七日,将各军实行撤退。
当湘鄂交战的时候,川省亦发兵攻入湖北。占领巴东秭归,进围宜昌。吴佩孚也派兵往援。九月十二日,吴佩孚自到宜昌,把川军打退。
中原之多故如此,而财政问题,又始终无法解决。第二次天津会议,靳总理也曾到场。当时有将交通部的特别会计,改为一般会计之说。旋由交通部发特种支付券五百万元,以维持内阁政费。然内阁仍于五月十四日改组。改组之后,财长李士伟旋辞职,由次长潘复代理。十一月初五日,潘复辞,由农次高凌霨代理。十八日,靳云鹏辞职,由颜惠庆代理。十二月十四日,任命梁士诒为国务总理。明日,任命各阁员。