伊尹的下一步则是让商汤通过减少对夏桀的贡赋，来试探夏桀是否在诸侯中还得人心。果然夏桀大怒，发动九夷的军队打算进攻商汤。伊尹认为，这是诸侯还顺服夏朝的表现，这时的夏桀不可以惹怒，于是建议商汤赔礼道歉并恢复贡赋。等到第二年又用这招试探，而夏桀果然就叫不动东方诸侯了。商汤则反而带领东夷，攻灭服夏的葛、韦、顾、昆吾等国，并在鸣条一举击败夏桀，进而直捣夏都阳城，夏朝就这样灭亡了。伊尹则被尊为帝师，辅佐商汤、外丙、仲壬、太甲四代，因为太甲年少无知，于是伊尹便将其流放桐宫，自己摄政三年。等到太甲懂事之后，伊尹又将其迎立。此后伊尹卒，其子伊陟和伊奋都是商朝重臣。
不过此事还有另外一个版本。古本《竹书纪年》记载：“伊尹即位，放大（太）甲七年，大（太）甲潜出自桐，杀伊尹。”伊尹反而变成篡位而被杀了。其实这种黑说法产生于战国法家盛行的中原，不但与儒家的伊尹不合，与考古的伊尹也不合。在商代祭祀中，伊尹享有非常隆重的规模。不过虽然伊尹成为商朝的重臣，但有莘却似乎一直不太服商。我们之前也提到过，商朝的两个心腹大患就是邳国和姺国（有莘氏）。商王河亶甲五年，有莘氏进攻商朝诸侯班国，被商朝方伯彭国和豕韦打败，此后“姺人来宾”，愿意接受商朝的领导了。有莘氏在文献中不仅被写作“姺”，也被写作“侁”或“辛”。商代末年的有莘氏国君，叫作辛甲。
