伊尹的下一步则是让商汤通过减少对夏桀的贡赋,来试探夏桀是否在诸侯中还得人心。果然夏桀大怒,发动九夷的军队打算进攻商汤。伊尹认为,这是诸侯还顺服夏朝的表现,这时的夏桀不可以惹怒,于是建议商汤赔礼道歉并恢复贡赋。等到第二年又用这招试探,而夏桀果然就叫不动东方诸侯了。商汤则反而带领东夷,攻灭服夏的葛、韦、顾、昆吾等国,并在鸣条一举击败夏桀,进而直捣夏都阳城,夏朝就这样灭亡了。伊尹则被尊为帝师,辅佐商汤、外丙、仲壬、太甲四代,因为太甲年少无知,于是伊尹便将其流放桐宫,自己摄政三年。等到太甲懂事之后,伊尹又将其迎立。此后伊尹卒,其子伊陟和伊奋都是商朝重臣。
不过此事还有另外一个版本。古本《竹书纪年》记载:“伊尹即位,放大(太)甲七年,大(太)甲潜出自桐,杀伊尹。”伊尹反而变成篡位而被杀了。其实这种黑说法产生于战国法家盛行的中原,不但与儒家的伊尹不合,与考古的伊尹也不合。在商代祭祀中,伊尹享有非常隆重的规模。不过虽然伊尹成为商朝的重臣,但有莘却似乎一直不太服商。我们之前也提到过,商朝的两个心腹大患就是邳国和姺国(有莘氏)。商王河亶甲五年,有莘氏进攻商朝诸侯班国,被商朝方伯彭国和豕韦打败,此后“姺人来宾”,愿意接受商朝的领导了。有莘氏在文献中不仅被写作“姺”,也被写作“侁”或“辛”。商代末年的有莘氏国君,叫作辛甲。