五世达赖回藏后，便用清廷赐给的金银兴修包括布达拉宫在内的十余所寺庙，不久，又规定了黄教寺庙的各种制度，从而使喇嘛教在清代得到进一步的发展。五世达赖晚年，不问政事，专心著经，一生所著多达三十余卷，主要有《相性新释》、《西藏王臣史》、《菩提道次第论讲义》、《引导大悲次第论》等，这些著作都被西藏喇嘛教界奉为名著。
康熙年间，由于发生准噶尔叛乱，并企图割裂西藏，清廷为了恢复西藏地区的秩序和安定，采取了诸项措施：承认青海各部立的七世达赖（1708—1757年）；首次册封五世班禅（1663—1737年）为“班禅额尔德尼”，赐其金册、金印；派兵征讨侵藏的准噶尔军队。后又护送七世达赖入藏。康熙五十九年（1720年），七世达赖在拉萨坐床，受到喇嘛教僧侣的欢迎。到了雍正年间，雍正帝继承其祖、父政策，继续崇奉喇嘛教，并把自己当皇子时的王府更名为“雍和宫”，视其是京城内喇嘛教的中心寺院。又封蒙古大喇嘛哲布尊丹巴为“启法哲布尊丹巴喇嘛”，并赐予金印、敕书，以表彰他维护祖国统一的功绩。在乾隆时期，乾隆帝也很重视喇嘛教。清廷平定西藏农奴主的叛乱后，设置了“金奔巴”，即一种以金瓶掣签的方式选出正式灵童来继任达赖或班禅。这样就可以防止擅权舞弊，弄虚作假，以及各宗派之争。总之，清廷对喇嘛教采取的诸项政策，对加强民族团结、维护祖国统一起了积极作用。
