五世达赖回藏后,便用清廷赐给的金银兴修包括布达拉宫在内的十余所寺庙,不久,又规定了黄教寺庙的各种制度,从而使喇嘛教在清代得到进一步的发展。五世达赖晚年,不问政事,专心著经,一生所著多达三十余卷,主要有《相性新释》、《西藏王臣史》、《菩提道次第论讲义》、《引导大悲次第论》等,这些著作都被西藏喇嘛教界奉为名著。
康熙年间,由于发生准噶尔叛乱,并企图割裂西藏,清廷为了恢复西藏地区的秩序和安定,采取了诸项措施:承认青海各部立的七世达赖(1708—1757年);首次册封五世班禅(1663—1737年)为“班禅额尔德尼”,赐其金册、金印;派兵征讨侵藏的准噶尔军队。后又护送七世达赖入藏。康熙五十九年(1720年),七世达赖在拉萨坐床,受到喇嘛教僧侣的欢迎。到了雍正年间,雍正帝继承其祖、父政策,继续崇奉喇嘛教,并把自己当皇子时的王府更名为“雍和宫”,视其是京城内喇嘛教的中心寺院。又封蒙古大喇嘛哲布尊丹巴为“启法哲布尊丹巴喇嘛”,并赐予金印、敕书,以表彰他维护祖国统一的功绩。在乾隆时期,乾隆帝也很重视喇嘛教。清廷平定西藏农奴主的叛乱后,设置了“金奔巴”,即一种以金瓶掣签的方式选出正式灵童来继任达赖或班禅。这样就可以防止擅权舞弊,弄虚作假,以及各宗派之争。总之,清廷对喇嘛教采取的诸项政策,对加强民族团结、维护祖国统一起了积极作用。