1996年，宫崎勤又在法庭上接受审判，检察官提出宫崎勤犯有强奸猥亵、诱拐、杀人、尸体毁损、尸体遗弃等罪名，应该被判处死刑。辩护律师则声称，宫崎勤的精神状态明显不正常。
1997年4月14日，宫崎勤在东京地方法院接受审判，被判处死刑。宫崎勤对此项判决结果表示不服，立刻提起上诉。
2001年6月28日，宫崎勤在东京高等法院接受审判，依旧被判处死刑。宫崎勤则以多重人格、无行为能力为由继续提起上诉。
2006年1月17日，东京地方最高法院在审理了宫崎勤的案件后，驳回了宫崎勤的上诉，宣告判处死刑。不过宫崎勤并未出现在法庭上，而是在监狱里等待宣判结果。当得知自己再一次被判处死刑后，宫崎勤表现得很冷静，他用十分平淡的语气说：“一定是哪里出错了。过不了多久，我就会被无罪释放。”
在十多年的司法程序中，宫崎勤没有表现出任何悔意，也从未向被害人及其家属致歉，他将所有的罪责都推到一个所谓的“鼠人”身上。他说所有坏事都是鼠人干的，与他无关，他甚至还画出了鼠人的样子。
